临时收储制度也使得国储棉产生大量未消化的库存。
　　3月29日，国家发改委消息显示，2012年度棉花临时收储交易全部结束，累计成交634.2万吨，其中新疆成交393.3万吨、其他产区成交240.9万吨。
　　而期货经纪公司金源期货8月12日发布棉花周报称，到7月31日2012棉花年度竞拍结束后，国储棉尚有1000多万吨库存。
　　PCI纤维咨询公司中国市场总监陈九妹认为，经过这两个棉花年度的收储，中国棉花库存增加了800万吨，已经超过了使用量，如果收储政策不变，需求将被持续抑制，下一个棉花年度，整个库存量还会继续增加。
　　库存也让“一手托收储、一手托纺企”的农业发展银行（下称“农发行”）感到紧张——农发行一方面要为中储棉及相关流通企业提供贷款支持，另一方面要为涉农的棉纺行业提供贷款，这两者的关系理不顺，也会增加农发行的资金回收风险。
　　农发行总行客户二部三处处长栗华田介绍，新的棉花年度一开始，农发行就要投放收储资金，棉花价格高，也会给农发行带来资金供应上的压力。而纺纱厂因为棉价高导致经营状况不佳，也会影响还贷周期。
　　纺织从业者并不反对为棉农提供政策性保护，他们认为，以直接补贴的方式保护农民更合适。
　　朱北娜说，保护农民就应该让钱直接到农民手里，国家可以结合西北地区、长江流域等不同地区的具体情况，给农民相应的补贴。
　　中国棉业越来越强劲的竞争对手印度采用的就是这种办法。据印度纺织品出口促进委员会会长马尼坎·拉瓦斯瓦米介绍，印度用直补的方式激励农民使用有机肥和合成肥，以确保棉花生产更加可持续。路易达孚是世界最大的棉花贸易商，据其中国公司董事长陈涛介绍，世界最大产棉国美国对棉农采用的也是直补政策。
　　中纺联已向国务院及国家发改委反映这一诉求，并已引起重视。据王天凯透露，发改委已经形成初步的棉花流通体制改革征求意见稿，只是直补的具体方式以及实施时间还没有确定。中纺联副会长高勇担忧地说：“今年收储政策已经确定，即使国家决定采纳直补建议，最早也要明年实行，这段时间，棉纺企业怎么办？”